Na 16 jaar dienstbaarheid te Wevelgem werd E.H. Jonckheere in 1928 benoemd tot onderpastoor van de Onze-Lieve-Vrouweparochie te Kortrijk. Hij bleef er zich bevlogen en volhardend inzetten voor de sociaal-economische vooruitgang van de Leiestreek en van de vlassers en de middenstand in het bijzonder.
In 1937 werd hij benoemd tot pastoor in het landelijke Bellegem.
In 1941 werd E.H. Jonckheere benoemd tot pastoor-deken van het Kortrijkse, een onuitgesproken eerbetoon aan zijn bekwaamheid en talent, maar ook een zware opdracht in een moeilijke tijd.
Deken Jonckheere werd in 1946 vroegtijdig uit het leven gerukt ten gevolge van een verkeersongeval. De verslagenheid in Kortrijk en ver daarbuiten was groot. Zoals blijkt uit onderstaande foto’s werd hij met veel luister ten grave gedragen.
